防潮濕
碳酸氫銨易吸濕，造成氮揮發損失；硝酸銨吸濕性很強，易結塊、潮解；石灰氮和過磷酸鈣吸濕后易結塊，影響施用效果。因此，這些化肥應存放在干燥、陰涼處，尤其碳酸氫銨儲存時包裝要密封牢固，避免與空氣接觸。
防揮發
氨水、碳酸氫銨極易揮發，儲存時要密封。氮素化肥、過磷酸鈣嚴禁與堿性物質（石灰、草木灰等）混合堆放，以防氮素化肥揮發損失和降低磷肥的肥效。
防受熱
溫度愈高，化肥的潮解揮發和結塊愈嚴重（穩定性愈差），因此貯存房屋的溫度應保持在30℃以下，農村好不放在有熱源的廚房內。
防火災
硝酸銨、硝酸鉀等有助燃性，貯存時不能和易燃物如煤油、汽油、秸稈、木屑等堆放在一起，以免引起火災。
防爆炸
硝酸銨、硝酸鉀等容易爆炸，若與銅、鐵等金屬粉末混在一起，一旦摩擦撞擊，就會引起爆炸事故。所以這些化肥結塊硬化后，嚴禁用金屬物猛擊，要用重物碾碎。
防腐蝕
過磷酸鈣有腐蝕性，應防止與皮膚、金屬器具接觸；氨水對銅、鐵有強烈腐蝕性，宜儲存于陶瓷、塑料、木制容器中。此外，化肥不能與種子堆放在一起，也不要用化肥袋裝種子，以免影響種子發芽。
防混放
化肥有酸性和堿性，應分門別類，按產地、種類、性質分別放置和保管，以免降低肥效。
防誤用
肥料不能和農藥、人畜藥品、食用物品（如白糖、食鹽）等混放，以免誤用。特別要防止小孩誤食。